新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（通称：新もの補助）では、自社の資本金や従業員数が中小企業基準に収まっていても、株主構成・役員兼任関係・法人格の種類・過去の補助金受給歴などによって「補助対象外となる事業者」に該当し、要件審査（形式審査）の段階で不採択・却下となるケースが少なくありません。
時間をかけて事業計画書を作成した後に「実は申請資格がなかった」という事態を防ぐには、着手前の除外要件チェックが不可欠です。本記事では、令和8年11月公開の第2回公募要領「1-4-2. 補助対象外となる事業者」に基づき、見落としがちな「みなし大企業」の判定基準、医療法人・一般社団法人等の取扱い、過去の補助金交付歴やグループ企業間の申請制限を事前診断チェックリストとして整理します。
※資本金・常勤従業員数による基本的な対象者定義については、前回の記事新もの補助の「補助対象者」要件とは？中小企業・小規模事業者の資本金・従業員数基準と個人事業主の申請条件をあわせてご確認ください。
- 除外ルール①（みなし大企業・高所得企業）：大企業から1/2以上の出資（複数大企業から合計2/3以上）を受けている会社、役員の1/2以上を大企業役職員が兼任している会社、資本金5億円以上の法人の100%子会社・孫会社、直近3年平均の課税所得が15億円超の企業は対象外。
- 除外ルール②（対象外の法人格）：医療法人、社会福祉法人、学校法人、一般社団法人・一般財団法人、公益法人、任意団体等は原則として補助対象外。
- 除外ルール③（過去の交付決定歴・重複申請）：過去3年以内の類似補助金（旧もの補助・事業再構築・新事業進出等）の交付決定回数・経過期間制限に抵触する事業者や、同一公募回で重複申請するグループ実質同一事業者は対象外。
- 除外ルール④（事後義務違反・法令違反）：過去補助金の事業化状況報告の未提出者、賃上げ未達による返還未履行者、補助金不正受給歴・重大な労働法令違反等がある事業者は対象外。
申請前に確認！補助対象外事業者の10項目セルフチェックリスト
以下の10項目のうち、1つでも当てはまる項目がある場合は、原則として新もの補助の補助対象外となるか、申請前に資本関係や過去の交付状況の厳密な精査が必要となります。
□ 2．複数の「大企業」が、自社の発行済株式総数（または出資総額）の合計 2/3（約66.7%）以上 を所有している
□ 3．自社の役員総数の 1/2（50%）以上 を、大企業の役員または職員（出向者等含む）が兼任している
□ 4．資本金または出資金が 5億円以上 の法人に直接・間接に100%の株式を保有されている（100%子会社・孫会社等）
□ 5．確定している直近過去3年分の各年・各事業年度の「課税所得の年平均額」が 15億円 を超えている
□ 6．法人格が「医療法人・社会福祉法人・学校法人・一般社団法人・一般財団法人・公益法人・任意団体」である
□ 7．過去3年以内に、ものづくり補助金・事業再構築補助金・新事業進出補助金等で上限回数以上の交付決定を受けている、または直近の申請制限期間内に交付決定を受けた
□ 8．同一の公募回において、自社で複数案件を申請しようとしている、または代表者・株主が共通する実質同一のグループ会社で重複申請しようとしている
□ 9．過去に採択された補助金で「事業化状況報告」を提出していない、または賃上げ目標未達等による返還金を納付していない
□ 10．事業実態のない休眠会社である、または補助金適正化法違反・労働関係法令違反・反社会的勢力該当等の欠格事由がある
【図解】最も誤解が多い「みなし大企業」と資本・所得制限の6基準
実務上、形式不備や採択取消の原因として最も多いのが「みなし大企業」の見落としです。自社単体の資本金が1,000万円、従業員数が10人であっても、株主や役員の背後に「大企業（中小企業者の定義を超える規模の企業）」が存在する場合、実質的に大企業の傘下であるとみなされて補助対象から除外されます。
発行済株式総数または出資価格総額の「1/2（50%）以上」を、同一の大企業が所有している場合。
1社あたりは50%未満でも、複数の大企業が所有する株式・出資の合計が「2/3以上」を占める場合。
出資比率が低くても、自社の役員（取締役・監査役等）総数の「1/2以上」を大企業の役員・職員が兼任している場合。
基準①〜③に該当する「みなし大企業」が、自社の株式・出資の100%を所有している孫会社等の場合。
資本金または出資金が5億円以上の法人に、直接または間接に100%の株式を保有されている場合。
確定済みの直近過去3年分の各年・各事業年度の「課税所得の年平均額」が15億円を超える高収益企業。
※なお、中小企業投資育成株式会社法に規定する投資育成会社や、投資事業有限責任組合契約に関する法律に規定する投資事業有限責任組合（ベンチャーキャピタルファンド等）からの出資については、公募要領上の特例により上記の大企業出資からは除外される取扱いが設けられています。
医療法人・社会福祉法人・一般社団法人等の取扱いと例外的な切り分け
医療・介護・福祉分野や非営利団体の経営者様からも設備導入のご相談を多くいただきますが、新もの補助では「法人格」によって明確に明暗が分かれます。
| 事業主体の区分 | 新もの補助の対象可否 | 実務上の理由と代替策 |
|---|---|---|
| 医療法人・社会福祉法人・学校法人・宗教法人 | 補助対象外 | 中小企業基本法上の中小企業者および公募要領所定の法人格に含まれないため申請不可。厚生労働省や東京都福祉局・保健医療局所管の医療・介護DX系補助金等を検討する必要がある。 |
| 一般社団法人・一般財団法人・公益社団／財団法人 | 補助対象外 | 収益事業を行っていても新もの補助では原則対象外（※一方、小規模事業者持続化補助金や一部の自治体助成金では条件により対象となる制度もある）。 |
| 特定非営利活動法人（NPO法人） | 条件付で対象 | 法人税法上の収益事業を行い、従業員数基準や確定申告等の公募要領要件をすべて満たす場合は補助対象者に含まれる。 |
| 株式会社・合同会社・個人事業主が営む「歯科技工所・自費ヘルスケア・福祉用具製造等」 | 事業者要件上は対象 （※事業内容による） | 医療法人ではなく会社または個人事業主であれば事業者要件は満たす。例えば歯科技工所（製造業）の3D・CAD/CAM機器導入や民間企業の介護テック開発等は対象となり得るが、公的医療保険・介護保険の報酬対象サービスそのものは事業要件側で制限される点に注意。 |
過去の補助金交付歴・同時申請・グループ会社間の制限ルール
公募要領の注意事項（p.3）にあるとおり、中小機構および中小企業庁所管の他補助金事務局の間では、申請者の過去の申請・採択・交付決定データが相互に情報共有されています。過去の受給歴や複数社経営に関しては、以下の4つの制限を必ず確認してください。
01
過去3年以内の交付決定回数・経過期間による制限
より多くの事業者へ支援を行き渡らせる政策趣旨から、応募締切日から遡って過去3年以内に同種・類似補助金（旧ものづくり補助金、事業再構築補助金、中小企業新事業進出補助金、本補助金等）の交付決定を所定回数（2回以上等）受けている事業者や、直近の一定期間内に交付決定を受けた事業者、現在補助事業を実施中（未完了）の事業者は対象外となります。また、1回のみの交付決定で申請資格がある場合でも、審査上の減点や大幅賃上げ特例の利用不可といった制約がかかります。
02
複数法人オーナー・グループ企業の実質同一判定
1人の経営者（または親族・同族株主）が複数の法人を所有している場合、登記上の別法人であっても「代表者・役員構成・株主・本店所在地・事業内容」等から実質的に同一の事業者とみなされるケースがあります。同一公募回でグループ複数社から同時申請したり、グループ会社間で設備・システムを発注し合ったりする取引（関連会社間取引）は厳しく制限・除外されるため事前のスキーム確認が必須です。
新もの補助の対象外となった場合に検討すべき代替策
仮に上記の除外ルール（過去交付歴の回数制限やみなし大企業・事業内容のミスマッチ等）によって新もの補助への応募が難しいと判明した場合でも、設備投資やシステム構築の支援策が完全に閉ざされるわけではありません。東京都内の事業者様であれば以下のような代替ルートが存在します。
- 東京都中小企業振興公社の独自助成金（DX・設備投資・躍進的な事業推進等）への切り替え
国の新もの補助で過去交付歴の制限にかかる事業者様であっても、東京都（公益財団法人東京都中小企業振興公社）が独自予算で実施する設備投資助成金やDX推進関連助成金であれば、国の補助金とは別枠の要件で申請できるケースが多くあります（※同一経費への二重受給は不可）。
- 中小企業省力化投資補助金（一般型・カタログ型）や持続化補助金の活用
既存業務の自動化・人手不足解消が主目的である場合や、販路開拓が中心の小規模投資である場合は、目的に合致した別制度を選ぶ方が要件適合性も採択確率も高まります。
- 東京都制度融資・日本政策金融公庫の低利融資・中小企業経営強化税制の活用
大企業子会社（みなし大企業）や医療法人、あるいは交付決定を待たずに即時着工したい案件の場合は、利子補給・信用保証料補助が手厚い自治体制度融資や税制優遇（即時償却・税額控除）を組み合わせることで実質的な投資負担を圧縮できます。
よくあるご質問（みなし大企業・医療法人・過去交付歴の判定）
Q．資本金3,000万円・従業員20人の会社ですが、親会社が大企業（資本金10億円）です。新もの補助に申請できますか？
親会社（大企業）からの出資比率が50%（1/2）以上である場合や、資本金5億円以上の法人に直接または間接に100%の株式を保有されている場合は「みなし大企業」に該当するため、自社単体の資本金や従業員数が中小企業基準以下であっても補助対象外となります。また、出資比率が50%未満であっても、複数の大企業からの出資合計が2/3以上ある場合や、役員総数の1/2以上を大企業の役職員が兼任している場合も対象外となります。
Q．医療法人や一般社団法人は「新もの補助」の補助対象になりますか？
医療法人、社会福祉法人、学校法人、一般社団法人、一般財団法人、公益法人等は、公募要領上の補助対象者（中小企業者・所定の組合・要件を満たす特定非営利活動法人等）に含まれないため、補助対象外となります。なお、株式会社や個人事業主が営む歯科技工所（製造業）や介護関連機器開発、ヘルスケアサービス等は事業者要件を満たせば対象となり得ますが、保険診療や介護保険報酬そのものを対象とする事業は対象外となる点に注意が必要です。
Q．過去に「ものづくり補助金」や「事業再構築補助金」で採択・交付決定を受けたことがありますが、今回も申請できますか？
過去の交付決定回数および経過期間によって取扱いが分かれます。公募要領「1-4-2」において、応募締切日から遡って過去3年以内に同種・類似補助金で所定回数（2回以上等）の交付決定を受けている事業者や、直近の一定期間内に交付決定を受けた事業者、現在補助事業を実施中（未完了）の事業者等には申請不可となる制限が設けられています。また、申請可能な場合（過去3年以内に1回のみ交付決定等）であっても書面審査での減点措置や大幅賃上げ特例の対象外となる規定があるため、過去の交付決定日と確定状況の事前照合が不可欠です。
おくだいら行政書士事務所では、官公庁で12年間補助金審査に携わった行政書士と、ものづくり補助金審査官・信用保証協会経験を持つ提携中小企業診断士が連携し、株主名簿・法人税別表二・過去の交付決定通知書に基づく「厳密な申請適格性の事前診断」から、万が一対象外であった場合の「東京都独自助成金・省力化投資補助金・制度融資への切り替え提案」、事業計画書の構築助言・交付申請・実績報告まで一貫してサポートしております。
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